Il 26 marzo 1929, utilizzando un passaporto falso intestato al cittadino svizzero Luigi Roncaglia, Pertini riusc� finalmente a rientrare in Italia. Qui riprese contatti con la rete clandestina di antifascisti. Riconosciuto, venne arrestato a Pisa il 14 aprile 1929. Deferito al Tribunale Speciale, Pertini venne condannato il 30 novembre del 1929 a 10 anni e 9 mesi di reclusione e a 3 anni di vigilanza speciale. Per tutto il processo tenne quello che il Prefetto defin� "un contegno altezzoso e sprezzante", rifiutandosi di riconoscere l'autorit� del Tribunale stesso. All'annuncio della condanna rispose con il grido "Viva il Socialismo" e "Abbasso il fascismo".

Questo atteggiamento cost� a Pertini la reclusione a Regina Coeli e all'ergastolo di Santo Stefano. Nonostante le vessazioni, in carcere mantenne sempre un atteggiamento sereno e nello stesso tempo fermo. Ben presto il suo nome fu associato a quello degli altri leader antifascisti. Dal carcere egli riusc� a tenere contatti, anche se sporadici e avventurosi, con gli altri antifascisti. Ben presto, per�, le sue condizioni di salute peggiorarono. Ne scatur� una campagna di opinione che ebbe un qualche minimo risultato. Nel dicembre 1930, infatti, a Pertini, ammalatosi, venne tolto il regime di carcere duro e venne disposto il trasferimento nella casa per cronici di Turi. A Turi, Pertini conobbe e divenne amico di un altro leader dell'antifascismo in carcere, Antonio Gramsci.

Nell'aprile 1932, Pertini venne trasferito presso il sanatorio giudiziario di Pianosa. Nonostante questo, le sue condizioni di salute non migliorarono, al punto che la madre fu indotta a presentare alle autorit� domanda di grazia.

Per la prima volta i rapporti tra madre e figlio si incrinarono.

Pertini respinse la domanda di grazia con parole durissime per la madre e per il presidente del Tribunale Speciale.

Nel settembre 1935 Pertini usc� dal carcere e fu condotto al confino di Ponza. Nel 1939 fu disposto il suo trasferimento al confino prima a Tremiti e poi a Ventotene. Riacquist� la libert�, dopo oltre 14 anni, soltanto nell'agosto del 1943, un mese dopo la caduta del fascismo.